O tratamento endodôntico, tambem conhecido pela desvitalização, consiste na remoção do tecido da polpa e dos canais radiculares, alargamento destes e subsequente preenchimento com um material selador. Os dentes normalmente possuem 1 a 3 raizes, e cada raiz 1 canal, no entanto isso não é uma regra fixa, podendo haver muitas variações, um dente pode possuir mais que três raizes e cada raiz possuir 1,2 ou até 3 canais. A dificultar ainda mais, a possibilidade da anatomia de cada canal poder tambem variar, um canal pode ter uma secção redonda, semicircular, em lua, ou completamente irregular. Pode dividir-se em dois, fundir-se com outro canal, ter canais laterais ou colaterais ou terminar num delta com numerosas ramificações.

Para um tratamento endodôntico ter sucesso é fundamental detetar e tratar todos os canais, em todo a sua extensão. O microscópio endodôntico veio revolucionar o tratamento endodôntico, dado o seu poder de ampliação e iluminação, agora é possivel identificar e tratar mesmo os canais mais problemáticos com visualização direta, não estando dependente da experiência e sensibilidade tactil do médico dentista. A taxa de sucesso do tratamento endodôntico realizado com o auxilio do microscópio supera os 90%, comparando com os 60% sem.